能源作物的大范围种植导致食品价格上涨？
全球食品价格上涨的主要原因并不是能源作物的大范围种植，而是：人口增长、天气原因导致的农作物歉收，以及最重要的一点——肉类食品消费量的增加。以巴西为例，巴西拥有约2.2亿公顷的牧场，相比之下仅有2300万公顷的耕地和600万公顷的甘蔗（能源作物，其中一半被用于制作生物乙醇，并用作汽车燃料）。但不可否认的是，在发展生物质能的同时要注重与粮食生产之间的平衡，避免出现新的粮食问题。
能源作物需要更多的化肥和农药？
答案是否定的。能源作物相比粮食作物对氮肥的需求量更低，因为氮含量太高不利于发酵。能源作物对害虫的耐受极限也更高。由于生长周期较短，收获较早，许多病原体并没有足够的时间成长到关键阶段。能源作物的另一个优势在于，他的营养物质循环几乎是封闭的，在其能量被利用之后，发酵或燃烧的剩余物质可以作为肥料。
作物单一化？
玉米作为一种常见的能源作物，生长迅速，并且可以提供大量生物质。使用玉米作为原料生产沼气的技术已经比较成熟，而且产量很高，所以很多沼气厂会把玉米作为首选原料进行储存。但这会使玉米的种植面积显著增加，导致农作物单一化，带来很多批评。以德国为例，2012年德国对可再生能源法（Erneuerbare-Energien-Gesetz）进行修订，规定新的沼气厂使用玉米的比例要在百分之60以下，其余可以使用其他开花植物或斑纹鳞茎代替。
转基因技术泛滥？
无论是出于商业还是科研目的，转基因植物的田间种植和试验都应受到严格管控。因此，特殊品种能源作物（例如特别高产的能量玉米）也必须通过严格的审批程序。
森林砍伐？
以德国和欧盟为例，自2009年以来，可持续性法规一直在确保只能使用可持续生产的生物燃料。通过为合规的企业和产品颁发合格证，确保在全球范围内种植能源作物的同时，不会丧失稀有动植物的宝贵栖息地（如泥潭地和热带雨林）。此外，与化石能源相比，生物燃料在整个生产供应链上减排了至少百分之60的温室气体（2018年），这对全球生态环境保护做出了巨大贡献。（邸义博）
